在向应用型转变过程中，地方本科高校既面临着来自体制机制、政策环境、办学利益相关者等外部因素的制约，也面临着地方本科高校自身需要积极应对和寻求突破的困惑与难题。
第一难在理念偏差、固有思维与陈旧观念的转变。主要表现在：原有落后、陈旧的思想观念与向应用型转变的办学理念之间的强烈冲突；高等教育大众化背景下对精英化情结和精英化思维的固守；对以应用型为核心的新型大学理念与特质认识上混沌不清；对传统职业教育认识上的刻板印象，现代职业教育的理念没有得到广泛的社会认同。
如何有效应对？首先要进行理念转型。地方高校要牢固确立应用型的办学定位，充分认识地方高校向应用型转变，既不是大学的降格，也不是大学理念的异化，以先进的办学理念治校。其次要把握转型发展的核心要义与根本指向，确立“应用型”始终是地方高校转型发展的内在特质。应用型与区域性、产业性等密切关联，以培养符合地方经济社会发展需要的高素质应用型人才为转型发展的根本指向。最后要正确认识并接纳职业教育，注重应用型本科人才培养的职业需求导向，主动吸纳现代职业教育中有利于应用本科教育的元素和因子，使应用型教育成为伴随职业发展与专业成长的高等教育。
第二难在领导核心驾驭能力与中层团队管理能力不足。面对转型发展大计，一些院校领导核心缺乏对学校发展的整体谋划，缺乏对新建本科院校向新型大学发展态势的准确判断，缺乏对高教理论学习与院校发展研究的自觉。中层管理团队对转型发展等关注研究不足，存在主动性与创造性不强等问题。
向应用型转变对地方高校的领导核心和中层管理团队提出了新的要求。以校级班子为核心的领导团队是学校转型发展的领航者，必须对转型发展进行顶层设计、整体谋划、统筹协调，对发展中的各种重大关系和问题正确把握、合理处理。中层管理团队是学校转型决策与基层落实的中间枢纽。对于中层管理团队而言，重在提升管理效能与水平，提高制度设计的科学性，增强制度实施的执行力。提升领导核心驾驭能力和中层团队管理能力，必须深刻重视高等教育研究，从而找到最适合自己的发展道路和模式。
第三难在师资队伍的教育理念与知识、能力结构不适应转型。一些教师习惯传统的教育方式，固守陈旧的教育观念而不愿更新；院校“双师双能型”结构的教师比例偏低，大多数教师知识转化为应用、实践教学等能力尚不能满足培养应用型人才的需要。
如何破解难题？一是要促进教育理念与教育思想转型。引导教师确立高等教育大众化背景下的教育观，确立“学生、学习、学习成果”为中心的教育思想，确立“注重学理、亲近业界”的应用型人才培养理念，将应用型人才培养模式从学科导向的知识逻辑体系向专业导向的技术应用逻辑体系转变。同时，要通过教学评价、职务（职称）评聘等制度设计来推进教师转型。二是要促进师资队伍知识与能力结构的转型。地方高校要推进专业教师到企业参加研修实践活动，建设一批集学生实习就业、教师企业实践、产学研一体的校企合作基地，提升教师专业教学能力与社会服务能力；积极引进和聘用实践经验丰富的优秀技术或管理人才。
第四难在校地深度对接与长效合作的机制没有形成。校地校企对接合作的深度性和有效性明显不足；专业结构与布局不能契合地方行业需要；地方高校缺乏深度对接行业的意识与能力；特别是在师范专科学校等基础上升格的新建本科院校没有行业背景，缺乏与行业企业合作的经验与能力。
对地方高校来说，应对策略是要坚持校地互动发展战略，建立校企合作平台，培养应用型人才。坚持主动贴近区域经济社会发展需要，加快融入、积极引领所服务区域的新业态发展。努力实现“三个对接”，即与当地创新要素资源对接，与经济开发区、产业聚集区创新发展对接，与行业企业人才培养和技术创新需求对接。要积极争取政府和行业支持，通过建设协同创新中心等载体推进科研、文化等基础设施共建共享，形成高�：颓蚓蒙缁崃⒄垢窬�。
第五难在人才培养模式改革和应用型课程体系的重构与落实。一些院校专业设置存在盲目追求数量而忽视地方（行业）需求的倾向。在课程体系重构层面，二级教学单位参与改革的主动性与创造性不够，课程设置与培养目标矛盾、课程目标与社会需求脱节。
向应用型转变迫切要求地方高校按需重组人才培养结构和流程，集中力量办好地方（行业）急需、优势突出的专业，逐步形成特色专业集群。人才培养模式改革必须根据区域社会经济发展和产业技术进步的需求驱动课程改革。在新的课程体系重构时更加关注培养学习者的技能和创新创业能力。必须构建以应用为主旨且符合学校定位的课程体系。以能力为本位进行课程模块化设置，以素质为导向实施通识教育课程改革，以合作为路径重视校企课程和校本课程开发。
对于转型过程中的种种困难，地方高校应当立足院校自身发展的小环境，确立“问题就是机遇”的态度，主动作为，务实进�。ν平蛴τ眯妥�。